目前，全国烟草行业有包括深圳、大连在内的33家省级烟草专卖局和烟草公司，16家工业公司，57家卷烟工业企业，1000多家商业企业，以及烟叶、[美国注册公司]卷烟销售、烟机、物资、进出口等全国性专业公司和其他一些企事业单位，全行业职工51万人，实行垂直管理。
中国行政体制改革研究会副会长、国家行政学院教授汪玉凯接受南都记者采访时表示，纵使多次调整国家烟草专卖局的主管部委，但烟草专卖行业的内部管理机制一直没有变化，该局始终兼有行政管理和市场主体的双重职能，烟草行业政企合一的缺陷始终存在。
国家行政学院专家建议，烟草行业实行政企分开，尤其需要放弃政府部门对企业的行政任命权，取消中国烟草总公司相关领导的行政级别，逐步实现国企管理层职业化和市场化。
“左手打右手”的尴尬现状
自1998年改革以来，国务院己撤销十多个政企合一的部、委、局，国家烟草专卖局是目前为数不多的政企合一部门之一。国家烟草专卖局既是决策者又是执行者。
一位烟草系统内部人士坦言，长期的专卖制度，使得行业高度垄断，腐败大量滋生，烟价也不断上涨，“同一套人马，政府职能很难和企业利润完全脱离”。
“国家烟草专卖局，[注册英国公司]一方面是国务院部委机构，另一方面又是烟草企业。作为政府机构，要负责监管；作为企业，又要提高生产。左手打右手怎么打？”新探健康发展研究中心副主任、原中国预防科学院副院长吴宜群接受南都记者采访时坦言。
此外，烟草政企不分的体制对控烟的阻碍长期为外界所诟病。
“在我国，烟草工商业属于国有企业，由于实行长期的垄断，积累了丰厚的资产和利润，形成了一个固有的利益集团”，清华大学国情研究院教授胡鞍钢主持的课题组撰写的《关于实施烟草产业转型的建议》曾指出，烟草行业政企不分，烟草专卖局及其主管部门(工信部)成了烟草工商业企业这一特殊利益集团的“政治�；ど �，严重干扰了控烟政策的制定，成为中国控烟的最大制度性阻碍。
省局以下的“政企分离”
如何破解中国“控烟之难”？多位学者和业内人士均将矛头指向“政企合一”，支持国家烟草专卖局和中国烟草总公司实行政企分开，在组织、人事和利益链条上切断联系，中国烟草总公司仅作为国有公司而存在。
事实上，早在2003年，烟草行业就尝试“工商分离”，在沿袭的烟草专卖专营体制下，各省级烟草公司不再身兼两职(既负责本省烟草销售，又负责管理本省烟厂)，而是只管销售，不再管理烟厂。此次改革中，烟草行业的“龙头”国家烟草专卖局和中国烟草总公司却未改革，仍同时肩负专卖制度的管理者和生产经营企业这两种角色。因此，此次改革也被视为省局以下的“政企分离”，显然这一分离并未触及更高层面。
烟草专卖制度可否撼动？
根据《烟草专卖法》，“为实行烟草专卖管理，有计划地组织烟草专卖品的生产和经营，提高烟草制品质量，维护消费者利益，保证国家财政收入制定本法”。在胡鞍钢看来，“保证国家财政收入”这一目标成为控烟的巨大阻力。他建议启动修订《烟草专卖法》，废除其中“保证国家财政收入”这一目的，同时建议取消烟叶税，加大财政转移支付，切断地方政府对烟叶生产的激励机制。
广东商学院教师邹方斌曾撰文建议废除烟草专卖制度。他认为，专卖制度下，烟草公司可以将绝大部分税收负担转嫁给消费者和烟农，大部分垄断租金往往被一些拥有权力的政府官员攫取，或“合法”转化为烟草行业过高的工资与福利水平。
但烟叶税的减少，是否会减少政府财政收入？“各级财政和地方经济对烟草产业的依赖度正在逐步下降”，清华大学国情研究院教授胡鞍钢主持的课题组指出，即使在云南等部分传统烟草大省，烟草产业G D P比重也已大幅下降。
胡鞍钢则认为，在全国财政总收入持续提高的情况下，中央政府完全有能力通过转移支付等手段推动地方降低烟草产业占地区经济及财政收入来源比重。
在吴宜群看来，即使短期内烟草行业无法彻底实现政企分离，烟草专卖局也不得参与控烟履约政策的制定。
清华大学胡鞍钢所在课题组也认为，当前可以成立“国家控烟局”，全面履行控烟职能。新成立的国家控烟局，将作为制约烟草专卖局的重要力量。胡鞍钢曾公开表示，在新一届国务院机构改革方案中，应加快推进国家烟草专卖局和中烟总公司的政企分离，使国家烟草专卖局转变为国家控烟局。
我国的烟草专卖制度目前实行的是“统一领导、垂直管理、专卖专营”。
1984年1月6日[英国公司注册]，国务院将轻工业部烟草专卖局改为国家烟草专卖局，与中国烟草总公司一套人马、两块牌子。随后国家烟草专卖局曾先后划归国家经贸委、发改委，2008年则归工信部管理。尽管如此，国家烟草专卖局、中国烟草总公司政企合一的体制延续至今。
