马德里注册的缺点：
1、注册国家的局限性
因为《马德里协定》最先是由实施商标注册原则的国家提出的，所以，以取得所属国国内注册作为申请国际注册的先决条件，限制了一部分实施商标使用原则的国家的积极性。
马德里联盟成员国目前只有70多个国家，一些同我国贸易联系密切的国家目前还不是成员国。我国企业无法通过马德里国际注册途径在这些国家取得商标注册。
2、要求以国内申请/注册为基础
国际注册必须以国内商标申请/注册为基础。在《马德里协定》项下，申请必须基于相同商标的国内注册（取得注册证书）；在《马德里议定书》项下，申请可以基于相同商标的注册申请（收到受理通知书即可），因此，在申请的时间上有一定的限制。
3、注册效力的不稳定性
由于国际注册要求以国内申请/注册/为基础，五年后才能与原属国的注册脱钩，因此一旦原属国的注册在五年内被撤销，国际注册也随之将被撤销，这一情况被称之为“中心打击原则”。
