按照世贸组织的规定，世贸组织的决策首先应考虑适用协商一致原则，不能达成协商一致的方实行多数票规则，但某些决策必须实行协商一致规则。对于实行多数票的决策，根据决策内容的不同，分别适用简单多数、2/3多数、3/4多数或反向一致规则。概括起来，主要有以下6种情况：
⑴协商一致规则。即只要出席会议的成员方对拟通过的决议不正式提出反对就视为同意，包括保持沉默、弃权或进行一般的评论等均不能构成反对意见。下列事项的决策一般应实行协商一致规则通过才有法律效力（除非特殊规定）：第一，对《世界贸易组织协定》和多边贸易协定的修改，有特殊规定的除外；第二，下列豁免成员方的义务：①豁免决定所涉及的是某一成员方未在有关期限内履行过渡期或分阶段实施期的任何义务，②某项有关世贸组织章程的豁免请求且在提交部长会议90天内；第三，对世界贸易组织协定附件4诸边贸易协议的增加；第四，争端解决机构按照《关于争端处理规则和程序的谅解》作出决定时，需一致同意。
⑵简单多数规则。对于世贸组织的一般决议如果不能达成一致同意，则采用简单多数规则，但《世界贸易组织协定》另有规定的除外。
⑶2/3多数通过规则。下列事项采用2/3多数通过：第一，对《世界贸易组织协定》附件1中的多边货物贸易协定和与贸易有关的知识产权协定的修改建议；第二，对《服务贸易总协定》一至三部分以及附件的修改建议；第三，对《世界贸易组织协定》和多边贸易协定的某些条款修改意见提交成员方接受的决议；第四，新成员方加入世界贸易组织；第五，财务和年度预算决议。
⑷3/4通过规则。对于非常重大事项，如果成员方不能达成一致同意，则采用3/4多数通过：第一，条款的解释；第二，各项协定的修改；第三，豁免义务。
⑸反向一致规则。即只要不是有权投票者全体一致对有关事项提出反对，则视为全体一致同意。该项则避免了1947年关贸总协定“一致同意”规则的弊端，是一重大的创新。该规则主要体现在《关于争端解决规则和程序的谅解》第十六条等条款之中。
⑹必须接受规则。世贸组织的有些决议通过后只有经过所有成员方的接收才具有法律效力。下列决策采用必须接受规则：第一，对世界贸易组织决策制度（投票程序）的修改；第二，对1994年《关贸总协定》第一条款（最惠国待遇）和第二条款（关税减让）的修改；第三，对《服务贸易总协定》第二条款（最惠国待遇）的修改；第四，对《与贸易有关的知识产权协定》第四条款（最惠国待遇）的修改。
由于世界贸易组织的决策实行协商一致的制度（如果达不成协商一致，则采取投票的方法，以多数票通过），故在部长会议和总理事会上，每个世贸组织成员方均有且只有一票投票权，这是世贸组织同联合国、国际货币基金组织和世界银行决策机制的根本区别之所在。联合国尽管实行一国一票制，但美国、中国、法国、英国和俄罗斯等五大国拥有否决权。而国际货币基金组织和世界银行的决策则实行股份公司式的投票制度，即各成员国的投票权数量取决于其在缴纳的基金的数量，因而是由美国等缴纳基金多的发达国家控制的。世贸组织的决策则实行一方一票制，且任一成员方都没有否决权，这一机制从根本上保证了世贸组织的决策不受少数国家特别是大国意志的左右。
