福州海关，是直属国家海关总署管理的厅局级海关，关区范围包括福建省内福州、莆田、三明、南平、宁德5市及其所辖的40个县（市、区），总面积6.5万平方公里；关区海岸线总长1800余公里。关区内主要口岸有福州国际机场空港、福州马尾港、福清江阴港、莆田秀屿港、宁德三都澳港和武夷山机场空港等。
目前，共设有17个内设机构（其中缉私局为副厅级）、3个派驻机构、8个隶属海关及2个事业单位；此外，在平潭东澳、霞浦三沙、莆田秀屿、连江琯头设有科级海关办事处，主要负责对台小额贸易监管工作。截至2006年底，全关共有关员、警员1175 人。现任关党组书记、关长为李国。
福州作为老通商口岸，早在宋代就设置了管理对外贸易事务的“市舶司”。清康熙二十四年（1685年）设立江、浙、闽、粤四海关，福州是最早设立海关的口岸之一。1861年，英政府根据《南京条约》强迫清政府设立闽海关新关，现在福州仓山、宁德三都岛上还有西式办公楼旧址。1949年8月福州解放，福州军事管制委员会接管了闽海关。1950年2月闽海关改名福州海关，并沿袭至今。
