哈尔滨海关为正局级直属海关，下辖一个副厅级机构和36个处级机构，其中：哈尔滨海关内设正处级机构17个,副处级机构1个；哈尔滨海关共有隶属海关机构18个。哈尔滨海关下设走私犯罪侦查分局（副厅级）。
哈尔滨关区所辖范围为黑龙江省全境，面积为45.39万平方公里，山川秀丽，物产丰富,边境线长达3045公里，全部与俄罗斯接壤，是亚洲及太平洋地区陆路通往俄罗斯和欧洲大陆的重要通道。除哈尔滨经济技术开发区海关、齐齐哈尔海关、牡丹江海关、佳木斯海关、大庆海关以外，其余13个海关均为边境口岸海关，其中包括我国最北端的漠河海关，最东端的抚远海关。中俄边境小额贸易、边民互市贸易是黑龙江省对外贸易的一大特色。哈尔滨海关设在哈尔滨市，她地处富饶的松嫩平原东端，美丽的松花江南岸，所辖阿城、尚志、双城、五常4市和呼兰、宾县、方正、依兰、巴彦、木兰、通河、延寿8县。
哈尔滨海关前身为哈尔滨关，建立于1907年，至今已有90多年的历史。1946年前，被洋人所控制，属于半殖民地性质的海关，成为列强倾销商品、掠夺中国财富，进行经济侵略的工具。1946年哈尔滨解放后她才回到人民手中。哈尔滨海关的历史，是中国海关从屈辱走向光荣的缩影，是中国从衰落走向强盛的历史见证。
沧桑回首，时世变迁。从1980年恢复建制至今，哈尔滨海关已经走过了20年的不平凡历程。在海关总署的正确领导下，哈尔滨海关全体关员认真贯彻党的路线、方针、政策，坚持以邓小平理论指导改革与发展的实践，解放思想、锐意进取，在履行海关监管职能，促进本地区对外经济贸易发展等方面做出了应有的贡献。今后，我们将严格贯彻“依法行政、为国把关、服务经济、促进发展”的海关业务指导思想，坚持“从严治关”，加快通关作业改革步伐，加强海关干部队伍建设，在建立社会主义市场经济体制，加快对外开放的大格局中发挥更大的作用。
