1989年以前，重庆海关的关区范围包括整个四川省总面积56万多平方公里。1989年7月成都海关直属海关总署领导后，重庆关区除重庆市外，还辖有川东和川南的自贡、泸州、宜宾、万县、涪陵、达县、黔江南充、广安、巴中共58个县(市)面积23万多平方公里。1997年3月八届全国人大五次会议通过了设立重庆直辖市的决议，海关总署决定从8月1日起调整重庆、成都海关关区重庆海 关关区为重庆直辖市现行政区划，区内包括重庆市，涪陵市、万县市和黔江地区，面积8万平方公里。
1995年5月12日，国务院批准在重庆经济技术开发区和万县设立海关，隶属重庆海关。1998年6月，重庆经济技术开发区海关和万县海关经过近三年的筹建，先后正式开关办理海关业务、1999年6月成立重庆海关走私犯罪侦查分局。
重庆海关地处西南腹地，其进出境主要通道有水路顺长江直达上海；铁 路南下直达香港、北上连接欧亚大陆桥；国际航线通达香港、澳门、名古屋、泰国等城市邮路可交换直封到日本、美国等地的邮件总包；公路有海关监管货物运输车队承运与各关之间的转关运输货物关区内拥有重庆空运一类，岸和重庆外贸铁路专用线二类口岸。为开发利用长江“黄金水道”，重庆海关经过调查研 究，在海关总署的支持下，制订了《海关对长江驳运船舶转运进出口货物管理规定》，与沿江兄弟海关一道共同创建了“江海联运”的长江水路转关运输监管模目前，重庆地区对外经贸事业发展迅猛，已与香港、日本、美国、韩国、德国、法国等世界112个国家(地区)建立了经贸关系，出口商品共有16个大类3000多 个品种，主要出口商品为机电产品、纺织品、服装、医药品、钢材等。
重庆海关坚持“依法行政、为国把关’’的指导方针采取多管齐下综合 治理的方式打击走私违法犯罪活动，维护了进出口贸易的正常秩序。随着中央西部大开发战略的实施，重庆海关将会作出更大的贡献。
