开发区海关现有人员70人，下设办公室、人教科、通关管理科、查验科、保税审批科、保税核销科、风险监控科、调查科、驻和尚岛办事处等科级分支机构9个及驻北良港办事处副处级机构1个。
自筹建至今，开发区海关不断加强业务建设、队伍建设及基本建设工作。目前，拥有办公楼18,000余平方米，固定资产总值8000余万元。为开展好监管工作打下良好基础。十五年来，开发区海关以自身优良的业务素质和文明高效的服务，即加强了对区内加工贸易的有效监管，又方便了区内企业的合法进出。尤其近年来，不断进行监管业务改革，建立起了以信息技术和风险管理为主的新的加工贸易监管体系，进一步规范了作业程序，强化了监督制约。根据国家政策调整和区内经济形势变化，适时推出有力措施，发挥海关监管的职能作用，依法行政，贯彻政策，有力地推动了区内加工贸易的健康发展，促进了开发区以加工贸易为主的外向型经济的腾飞。为此，多次获得大连关区“基层基础建设先进单位”、“文明窗口标兵单位”等光荣称号。
