南宁关区海关分布点多、线长、面广，海关业务门类齐全，海、陆、空、邮俱全。目前，南宁海关下辖11个处级隶属海关和10个缉私分局，分别为北海海关、钦州海关、防城海关、东兴海关、梧州海关、贵港海关、柳州海关、桂林海关、凭祥海关、水口海关、龙邦海关，以及北海海关缉私分局、钦州海关缉私分局、防城海关缉私分局、东兴海关缉私分局、梧州海关缉私分局、贵港海关缉私分局、柳州海关缉私分局、桂林海关缉私分局、凭祥海关缉私分局、龙邦海关缉私分局。南宁海关担负着辖区13个一类口岸、8个二类口岸、4个边地贸口岸、25个边民互市点的监管任务。
南宁海关认真落实整顿和规范市场经济秩序要求，以规范边贸管理为重点，加大管理力度，充实一线力量，实际监管不断加强，监管效能逐步提高；围绕重点地区、重点商品开展了打击香烟、成品油走私以及打击贸易渠道走私和严打整顿等一系列打击走私专项斗争，始终保持高压态势，不断推进反走私综合治理，有效遏制了走私势头；认真落实向管理要税和加强综合治税工作思路，坚持依法治税，强化税收征管，积极推进通关改革和机构改革，不断强化业务基础建设，通关效率和管理效能明显提高；结合实际实施口岸电子执法系统、便捷通关措施，跨关区快速通关系统等，落实支持广西实施西部大开发政策的7方面20项措施和支持广西扩大出口的18项措施，积极支持地方经济发展；坚持从严治关，加强和改善基层管理，推进干部管理体制改革，强化教育培训，积极开展缉私演练，稳步推进思想政治工作和凝聚力工程建设，队伍建设进一步加强。
南宁海关坚持从严治关，强化领导班子建设和关区队伍作风建设，推进干部人事制度改革，优化人力资源配置，强化监督制约，全面提高队伍整体素质。以基层管理和基础建设为重点，积极推进“双基”建设，用3年左右的时间，打牢关区业务和队伍管理水平。南宁海关还将坚持以改革促发展，进一步落实支持广西扩大出口的措施，提高通关效率和服务质量，支持西南出海大通道建设和西部大开发战略的实施，为广西改革创造良好的环境，促进对外经济贸易发展。
南宁海关将乘我国加入世贸组织的东风，抓住扩大开放的机遇，迎接深化改革的挑战，深入学习十六大精神，锐意进取，踏实工作，努力推动关区工作再上新的台阶，为国家和地方经济建设作出新的贡献。 广西作为大西南的出海通道，海、陆、空交通便捷。北海、防城、钦州港是广西三大优良海港，与世界上一百多个港口有着贸易往来，广西毗邻港澳，面向东南亚，背靠大西南，地理位置十分优越。有公路、铁路、民航运输网与全国相联，是广西及大西南地区进出口货物的贸易集散地和最便捷的出海口岸。特别是防城港已成为广西第一，华南第三的大港，跻身于全国对外开放的十大港口之列，年吞吐能力达1000万吨。北海、钦州、防城海关担负着北部湾3个港口的进出境货物、运输工具的监管任务。
广西不但有繁忙的海上运输，内河水路运输也十分发达，来往港口的小型船舶，经珠江、沿西江水道而上可直达梧州、贵港、柳州。上述三地海关担负着对来往港澳小型船舶的监管。
近年来，随着改革开放的不断深入，为适应新形势的新要求，南宁海关以建立现代海关制度为根本目标，进行了一系列业务制度改革。从1998年以来的通关作业改革、快速通关改革等大规模的改革全面铺开，到口岸电子执法系统、执法评估系统、税收监控分析系统等业务管理项目的相继应用，到便捷通关、“两水两路”快速通关系统的逐步实施和推广，关区的各项业务工作取得了一定的成效，海关工作得到了地方政府和企业的赞誉。
